吉布提位于东经41度-43度，北纬11度-13度，地处非洲东北部亚丁湾西岸，扼红海进入印度洋的要冲曼德海峡，东南与索马里接壤，北联厄立特里亚，西部、西南部和南部同埃塞俄比亚毗邻。陆地边界线长520公里，海岸线长372公里。沿海为平原和高原，主要属热带沙漠气候，终年炎热少雨。内地以高原和山地为主，属热带草原气候。全年分热季、凉季两季。4月至10月为热季，平均气温37℃，最高气温达45℃以上。11月至次年3月为凉季，平均气温27℃；雨量稀少，年平均降雨量为150毫米。

　　境内多山，主要是不同年代的火山岩。与埃塞俄比亚分界的穆萨阿里山海拔2,063米，为全国最高点。阿萨尔盐湖湖面低于海平面153米，为非洲最低点。